История Киевского медицинского университета берёт начало в 1840 году, когда рескриптом императора Николая I от 29 апреля было повелено в составе киевского университета Святого Владимира открыть медицинский факультет (основу его должна была составить переводимая в Киев Виленская Медико-хирургическая академия). В 1841 году на факультет пришли первые 29 студентов — к 1917 году их число возросло почти в 50 раз. В 1875 году при факультете открылась клиника, в 1888 и 1891 гг. к ней добавились специализированные клиники акушерства и гинекологии и детских болезней.
В результате нескольких реорганизаций в 1919—1921 годах медицинский факультет Киевского университета был преобразован в отдельный Киевский медицинский институт. C 1941 по 1944 год институт был эвакуирован в город Челябинск, где продолжал свою работу, впоследствии с помощью его профессорско-преподавательского состава был создан Челябинский медицинский институт. В 1946 году институту было присвоено имя выдающегося медика академика А. А. Богомольца. 17 ноября 1995 года указом президента Украины Л. Д. Кучмы университету присвоен национальный статус и его нынешнее название.
