Керівництво діяльністю Академії здійснює ректор. Протягом майже 100-річної історії Академії на цій посаді працювали видатні діячі вітчизняної музичної культури. Серед них: Володимир В’ячеславович ПУХАЛЬСКИЙ (1848 – 1933) – перший ректор, 1913-1914 р.; Рейнгольд Моріцевич ГЛІЄР (1874 – 1956) – 1914-1918 р.; Фелікс Михайлович БЛУМЕНФЕЛЬД (1863 – 1931) – 1918-1922 р.; Костянтин Миколайович МИХАЙЛОВ (1882 – 1961) – 1922-1934 р.; Абрам Михайлович ЛУФЕР (1905 – 1948) – 1934-1941 р., 1944-1948 р.
У роки Великої Вітчизняної війни, коли Київська консерваторія була в евакуації, вона тимчасово увійшла до складу Свердловської консерваторії, ректором якої на той час був Олександр Гнатович КЛІМОВ (1898 – 1974) – 1948-1954 р. У післявоєнний час консерваторію очолювали Андрій Якович ШТОГАРЕНКО (1902 – 1992) – 1954-1968 р.; Іван Федорович ЛЯШЕНКО (1927 – 1998) – 1968-1974 р.; Микола Кіндратович КОНДРАТЮК (1931 – 2005) – 1974-1983 р.; Олег Семенович ТИМОШЕНКО (1932-2010) – 1983-2004 p.
Від 2004 року ректором Академії є доктор мистецтвознавства, професор, народний артист України, член-кореспондент Національної академії мистецтв Украіни Володимир Іванович РОЖОК.
Національна музична академія України імені П.І. Чайковського є провідним центром музичної освіти України. Вона утворена згідно з Указом Президента України від 5 вересня 1995 року “Про реорганізацію Київської державної консерваторії імені П.І. Чайковського у Національну музичну академію України імені П.І. Чайковського”. Таким чином, Національна музична академія імені П.І. Чайковського стала правонаступницею Київської державної консерваторії імені П.І. Чайковського, яка була заснована у листопаді 1913 р.
Історія Національної музичної академії імені П.І. Чайковського відбиває складну драматичну долю нашої держави. Але на всіх етапах свого існування вона гідно зберігала й примножувала високий професіоналізм, єдність традицій українського народу зі здобутками європейських музичних культур. Рішенням Колегії Міністерства освіти України від 29 червня 1995 року, протокол № 19, Національна музична академія України імені П.І. Чайковського віднесена до навчальних закладів найвищого, IV рівня акредитації.
Від 1919 року Київська консерваторія стає державним навчальним закладом. Засновниками головних напрямів діяльності консерваторії були видатні діячі музичного мистецтва. Це творці композиторської школи Р. Глієр, Л. Ревуцький, Б. Лятошинський, В. Косенко, В. Золотарьов, А. Штогаренко; виконавських шкіл: фортепіанної – В. Пухальський, Г. Беклемишев, Г. Нейгауз, М. Михайлов, Є. Слівак, А. Луфер, В. Топілін, О. Александров, Т. Кравченко; вокальної – О. Шперлінг, О. Муравйова, М. Донець-Тессейр, Є. Чавдар, З. Гайдай, І. Паторжинський, О. Гродзинський та ін.; хормейстерської – О. Кошиць, Г. Верьовка, М. Верховинець, М. Вериківський, О. Міньковський, Е. Скрипчинська; гри на оркестрових інструментах – М. Ерденко, С. Каспін, Д. Берть’є, О. Пархоменко, Я. Магазинер, Ф. Воячек, Я. Яблонський, А. Проценко; диригенти симфонічного та оперного оркестрів Ф. Блуменфельд, М. Малько, В. Дранішніков, О. Орлов, Н. Рахлін, М. Канерштейн, В. Тольба, С. Турчак; засновники професійної школи гри на народних інструментах – М. Геліс, В. Кабачок; фундатори українського музикознавства – Б. Яворський, М. Грінченко, К. Квітка, П. Козицький, О. Шреєр-Ткаченко, Ф. Аерова, Н. Горюхіна.
Національна музична академія України імені П.І. Чайковського є однією з найбільших музично-освітніх установ Центральної та Східної Європи. Тут зосереджено потужний науково-творчий потенціал фахівців. Академія здійснює підготовку висококваліфікованих музикантів світового рівня. Вона формує музично-творчу еліту українського суспільства як національного суб’єкта світової культури. Одним з головних принципів роботи Академії є захист творчої свободи митця на ниві його художньої самореалізації в сучасних ринкових економічних умовах. Академія відновлює сторінки народної і професіональної (світської та церковної) культури минулого в інтересах відродження музичної пам’яті нації, її збагачення з урахуванням культуротворчого досвіду українського зарубіжжя та національних меншин України. Національна музична академія України імені П.І. Чайковського вбачає також свою мету в систематичній презентації та утвердженні педагогічних досягнень української музичної школи на міжнародному рівні.
Найважливішими завданнями Академії є генерування науково-педагогічних ідей та втілення державної стратегії в галузі національної музичної культури, збагачення традицій української музичної школи та постійне оновлення їх досвідом педагогів-новаторів. Академія забезпечує національними кадрами соціокультурну сферу, художньо-творчі колективи, музичні заклади, концертні організації, наукові та інформаційні музичні центри.
Академія активно співпрацює з законотворчими (парламентські комісії), державними (Кабінет Міністрів України), громадськими структурами (благодійницькі, спонсорські об’єднання), з різними культуротворчими осередками. Вона є головним координуючим центром, який поширює зв’язки музичного мистецтва з інфраструктурою культурно-масової сфери (аудіовізуальне мистецтво, телебачення, кінематограф, радіо, аудіо ринок, реклама, музейна діяльність, видавництва, нотний ринок, музичні бібліотеки тощо). В останні роки значно зріс міжнародний авторитет Національної музичної академії України імені П.І. Чайковського. Стали більш інтенсивними зв’язки з багатьма міжнародними організаціями та навчальними закладами.
Студенти і викладачі беруть участь у міжнародних програмах по обміну досвідом і навчанню у багатьох країнах світу. Київська консерваторія була заснована у 1913 р. Безпосередню участь у цьому взяли видатні російські композитори П. Чайковський, С. Танєєв, С. Рахманінов, а також талановитий організатор і педагог, директор Київського музичного училища В. Пухальський, видатний диригент А. Виноградський, відомий київський меценат М. Терещенко.
Сьогодні Академія – це найбільший в Україні вищий музичний навчальний заклад, у якому на 4-х факультетах і 27 кафедрах навчаються більше тисячі студентів. Науковий потенціал закладу забезпечують 9 Героїв України, 4 академіки і 10 членів-кореспондентів Академії мистецтв України, 69 народних артистів України, 82 професори і 131 доцент, 29 докторів наук і 93 кандидати наук, 50 заслужених артистів України і 31 заслужений діяч мистецтв України, 6 заслужених працівників культури і 2 заслужені працівники освіти, 24 лауреати державних премій України, 1 майстер спорту.
Шляхи перспективного розвитку Академії розглядає НАГЛЯДОВА РАДА, яка функціонує з 2007/2008 навчального року і забезпечує ефективну взаємодію навчального музичного закладу з органами державного управління, науковою громадськістю, суспільно-політичними організаціями в інтересах розвитку вищої музичної освіти. Її головою є Герой України, видатний диригент сучасності, народний артист України, академік Академії мистецтв України, генеральний директор, художній керівник Національного заслуженого академічного українського хору ім. Г. Верьовки, голова Національної Всеукраїнської музичної спілки А.Т. Авдієвський. Співпраця з представниками Наглядової ради Академії є новим поштовхом до поглиблення якості навчально-виховного процесу та поліпшення матеріальної бази.
Студенти і творчі колективи нашої Академії з великим успіхом репрезентують мистецтво в Україні та далеко за межами рідної держави. Слід відзначити традиційно високі результати участі наших студентів у міжнародних музичних конкурсах. Загальна кількість дипломів і лауреатських звань, які виборюють наші студенти щороку, сягає більше 50.
Академія здійснює підготовку педагогічних кадрів вищої кваліфікації через аспірантуру, асистентуру-стажування та докторантуру.
Високий рівень підготовки фахівців у Академії викликає традиційно значну зацікавленість з боку іноземних громадян. Протягом минулого року в Академії навчалося 172 іноземних студента з 10 країн, у тому числі з Китаю, а також з Ірану, Сірії, Південної Кореї, Росії, Сербії та Чорногорії, Польщі, Нової Зеландії та інших країн. Найбільшою популярністю серед іноземців користуються вокальний, фортепіанний та оркестровий факультети; частина студентів навчається на композиторському. Державні іспити показали, що іноземні студенти з чудовими результатами закінчують Академію і, отримавши диплом магістра, успішно працюють у вищих навчальних закладах на батьківщині, пропагуючи також і українські музичні надбання, наші культурно-мистецькі традиції.