Витоки університету — в авіаційних курсах, організованих київськими політехніками наприкінці XIX століття, а самостійна історія почалася в 1933 році: Постановою Ради Народних Комісарів СРСР на базі авіаційного факультету Київського політехнічного інституту був заснований Київський авіаційний інститут.
У подальшому його назва змінювалася: Київський інститут цивільного повітряного флоту (1947 рік), Київський інститут інженерів цивільної авіації (1965 рік), Київський міжнародний університет цивільної авіації (1994 рік), Національний авіаційний університет (2000 рік).
За майже 80-річну історію в стінах вищого авіаційного навчального закладу підготовлено понад 200000 висококваліфікованих фахівців. Серед них відомі вчені, керівники авіаційних компаній, підприємств, організацій та установ, які забезпечують польоти повітряних суден, їх обслуговування та ремонт, перевезення пасажирів і вантажів.
Колективу університету є ким і чим пишатись. В його стінах навчались члени-кореспонденти НАН України М. Голего, О. Аксьонов, заслужений діяч науки і техніки України П. Назаренко, лауреати Ленінської премії, професори В. Крилов, Г. Майкопар, лауреат Державної премії, професор Я. Пархомовський, президент авіакомпанії “Міжнародні авіалінії України” В. Потемський, президент Транспортної клірингової палати Росії С. Iллічов та інші відомі діячі науки і техніки багатьох країн. Гордість університету — його випускник, видатний вчений в галузі авіації та космонавтики, генеральний конструктор ракетно-космічних систем, двічі Герой Соціалістичної Праці, лауреат Ленінської та Державних премій, академік В. Челомей.
В університеті започатковані потужні наукові школи в галузях управління, механіки, електроніки, електротехніки, матеріалознавства, інформатики та обчислювальної техніки. Їх фундаторами були професор Т. Башта, академіки О. Кухтенко та Г. Пухов, члени-кореспонденти О. Пеньков, Б. Малиновський, професори А. Грохольський, Л. Iльницький та інші.
Створені унікальні прилади, системи управління авіаційною та ракетно-космічною технікою, передові технології, і, як підсумок, високий науково-педагогічний потенціал вищого навчального закладу.
У різні роки університет очолювали М. Королько, В. Подпорінов, Д. Глінчук, Н. Таранюк, М. Горчаков, П. Подчасов. У 1954–1975 роках ректором працював М. Голего. Він зробив значний внесок у будівництво навчального комплексу, створення та розвиток його матеріально-технічної бази, організацію наукової роботи, формування науково-педагогічного колективу. У 1975-1988 роках університет очолює О. Аксьонов. З 1988 року по 1998 рік керівництво університету здійснює П.Назаренко; з 1998 по 2008 рік університет очолює В.Бабак; з 2008 року ректором призначено М. Кулика.
Враховуючи загальнодержавне і міжнародне визнання результатів діяльності та вагомий внесок у розвиток національної вищої освіти і науки, Указом Президента України Л. Кучми у вересні 2000 року університету надано статус національного.
Сьогодні НАУ – один із найпотужніших авіаційних вищих навчальних закладів світу, де навчається понад 50 тисяч слухачів серед них 1200 іноземних студентів із 49 країн світу.
Потужні науково-педагогічні школи дають можливість готувати не лише фахівців інженерного профілю, але й економістів, юристів, екологів, перекладачів, психологів, соціологів тощо.
Навчальний процес забезпечує висококваліфікований науково-педагогічний колектив, у складі якого 15 академіків та членів-кореспондентів НАН України, 270 докторів наук, професорів і понад 900 кандидатів наук, доцентів. До навчального процесу залучаються провідні спеціалісти авіакомпаній і промислових підприємств. Серед викладачів – 80 заслужених діячів науки і техніки та лауреатів Державних премій.
