Як самостійний вищий навчальний заклад в Україні Академія існує з 1992 року. До цього він був Українським філіалом Московського Міжгалузевого Інституту підвищення кваліфікації працівників обліку та статистики Держкомстату СРСР, де навчались фахівці обліково-економічних спеціальностей колишнього Радянського Союзу: від Прибалтики до Камчатки.
З проголошенням незалежної України навчальний заклад змінив свій статус та концепцію освітньої діяльності, спрямувавши її на підготовку та перепідготовку фахівців економічних спеціальностей.
З 1992 року по 2000 рік заклад мав назву Інститут підготовки спеціалістів статистики та ринку, а з 2000 року по 2003 рік – Інститут статистики, обліку та аудиту Держкомстату України.
Розпорядженням Кабінету Міністрів України від 24 лютого 2003 року за № 89-р – навчальний заклад був перейменований на Державну академію статистики, обліку та аудиту Держкомстату України.
Указом Президента України В. Ющенка від 13 січня 2010 року за № 18/2010 навчальний заклад отримав статус національного ВНЗ з офіційною назвою «Національна академія статистики, обліку та аудиту».