Навчальний заклад створений у 1939 році, як Заліщицький сільськогосподарський технікум на базі школи садівництва, яка функціонувала з 1900 рoку. Заліщицька садівнича школа була одним з перших закладів сільськогосподарської освіти на західноукраїнських землях та східній Польщі. Свою роль в становленні і розвитку цього навчального закладу в перші десятиріччя відіграли урядовці та діячі краю Л.Білінський, Т.Цінський, його перші керівники К.Бжезинський, В.Кучера, В.Кубік.
В кінці 20-х – на початку 30-х років провідним напрямом професійної спеціалізації школи стає виноградарство та виноробство. Розвиток цих галузей відбувся завдяки діяльності відомого фахівця виноградарства Г.Заругевича, директора закладу М.Літинського. Після Першої світової війни, школа відновила і розширила свою діяльність. В 1927 році Крайовий заклад садівничий в Заліщиках розпорядженням президента Польщі об’єднаний в одне ціле з Пулавським Державним науковим інститутом сільського господарства. В 1931 році навчальний заклад реформовано на „Державну сільськогосподарську школу садівництва, овочівництва та бджільництва в Заліщиках".
В той час велику роль у поширенні сільськогосподарських знань та розвитку хліборобської культури селян відіграли українські товариства „Просвіта” і „Сільський господар”. З ініціативи Євгена Храпливого розвивався також хліборобський вишкіл молоді. Саме завдячуючи його діяльності, українська молодь отримала можливість здобувати хліборобські знання.
В передвоєнний період директором навчального закладу, який з березня 1939 року отримав назву „Державна садівнича школа в Заліщиках" був Станіслав Стжелєц.
Перший прихід більшовиків та Друга світова війна, поклала початок новим випробуванням. Восени 1939 року з приходом радянської влади садівнича школа реформується в технікум плодоовочівництва та городництва. Згодом почалася нова окупація – німецька. Німці не стільки заохочували розвиток освіти, як готували робочу силу для рейху. З осені 1941 року фаховий навчальний заклад в Заліщиках відновлює свою діяльність, як Державна садівнича школа (Staatliche gartenbauschule).
Післявоєнний розвиток сільськогосподарського технікуму був зумовлений практичною потребою в кваліфікованих фахівцях сільськогосподарського виробництва зруйнованого у воєнні часи та кадрово обезкровленого на фронтах. В перші післявоєнні десятиліття Заліщицький сільськогосподарський технікум пройшов період реформування і адаптації до радянської системи сільськогосподарської освіти. Зусиллями викладачів, працівників та учнів колективи очолювані в ці роки С.М.Стжельцем, І.В.Лосем, Г.Ф.Біденком, Г.Й. Желєзняком творили нове обличчя закладу.
В період 60-70-х років навчальний заклад став невід’ємною частиною народногосподарського комплексу Заліщицького району. Розвиток технікуму відбувався завдяки творчій діяльності колективів під керівництвом директорів К.О.Березюка, В.П.Нагорного, Г.А.Кривуци, В.О. Смеречанського. Згідно з розпорядженням Ради Міністрів України від 11 березня 1975 р. №142 на базі Заліщицького сільськогосподарського технікуму та частини земель колгоспу ім. Шевченка Заліщицького району утворений Заліщицький радгосп-технікум.
Логічним завершенням формування навчального закладу нового типу стало ініційоване директором радгоспу-технікуму Г.А.Кривуцою будівництво і відкриття у 1988 році нового навчального комплексу на 1000 студентів. Наказом Держагропрому України від 11 липня 1988 року №189 до Заліщицького радгоспу-технікуму приєднано Копичинецький сільськогосподарський технікум бухгалтерського обліку. Директором призначено М.І. Олійника.
Після проголошення незалежності України радгосп-технікум трансформувався в коледж - сучасний вищий навчальний заклад з розвинутою традицією дослідницької роботи, де ведеться підготовка фахівців освітньо-кваліфікаційних рівнів „Молодший спеціаліст” та „Бакалавр”. Постановою Кабінету Міністрів України від 29 травня 1997 року №526 “Про вдосконалення мережі вищих та професійно-технічних навчальних закладів” Заліщицький радгосп-технікум переведено до сфери управління Національного аграрного університету із збереженням юридичної особи.
Постановою Кабінету Міністрів №387 від 22 лютого 2000 року технікуму присвоєно ім’я Є. В. Храпливого. Статус коледжу навчальний заклад отримав 2 березня 2001 року (наказ №80 від 2.03.2001 р. Наказом ректора НАУ №391 від 19.06. 2006 року на базі Заліщицького державного аграрного коледжу ім. Є. Храпливого НАУ створено відокремлений структурний підрозділ Національного аграрного університету „Заліщицький аграрний коледж ім. Є. Храпливого”. В наступні роки завдання створення закладу нового типу колектив вирішу’ завдяки вмілому керівництву В. С. Глови.
Відповідно до постанови Кабінету Міністрів України від 30.10.2008 року № 945 „Питання Національного аграрного університету” про перейменування Національного аграрного університету в Національний університет біоресурсів і природокористування України та наказу ректора НАУ „Про заходи щодо виконання постанови Кабінету Міністрів України від 30.10.2008 року № 945 коледж став Відокремленим підрозділом Національного університету біоресурсів і природокористування України і має назву ВП НУБіП України „Заліщицький аграрний коледж ім. Є. Храпливого».
